Innowacyjne środowisko w Centrum Onkologii

W Centrum Onkologii działa ONKO.SYS - platforma anlityczna i hurtownia danych, która nie tylko optymalizuje czas pracy i tworzy algorytmy diagnostyczne, ale też prognozuje zjawiska medyczne i szacuje koszty leczenia. System ma pomóc wcześniej wykrywać nowotwory i poprawić wyniki leczenia chorych.

W procesach takich jak opracowywanie nowych leków, dobór terapii odpowiedniej dla danego pacjenta lub w kierowaniu jednostką leczniczą potrzebne są narzędzia umożliwiające wykorzystanie potencjału zawartego w gromadzonych danych. 

W przypadku Centrum Onkologii – Instytutu im. Marii Skłodowskiej-Curie, przy uruchamianiu projektu analitycznego zostały wzięte pod uwagę  trzy wyzwania: integracja danych, wymiana wiedzy oraz dostęp do nowoczesnych narzędzi, dopasowanych do potrzeb użytkowników. 

W Centrum Onkologii – Instytucie im. Marii Skłodowskiej-Curie dane pochodzą z wielu źródeł. Były one gromadzone na osobnych platformach, a jednym z cenniejszych i najbardziej obszernych źródeł danych są opisy tekstowe, stanowiące istotną część elektronicznej dokumentacji medycznej. W formularzach elektronicznej dokumentacji medycznej pola ustrukturyzowane niosą ograniczony zasób danych, a pełna i szczegółowa informacja jest przechowywana w polach tekstowych. To właśnie w postaci wolnego tekstu lekarz szczegółowo dokumentuje każdy przypadek. Cyfrowe notatki lekarskie są potencjalnie jednym z cenniejszych źródeł danych do analiz, jednak – ze względu na brak zaawansowanych narzędzi do analizy danych niestrukturalnych – źródłem trudno dostępnym w szerszym wymiarze i rzadko wykorzystywanym. 

ONKO.SYS - platforma analityczna i hurtownia integrująca dane

Platforma ONKO.SYS została zaprojektowana i uruchomiona z wykorzystaniem zaawansowanych narzędzi firmy SAS Institute, przeznaczonych do tworzenia hurtowni danych, analizy statystycznej, a także do analizy danych niestrukturalnych.

Centrum Onkologii – Instytut im. Marii Skłodowskiej-Curie podjęło się w 2015 roku realizacji projektu ONKO.SYS – „Kompleksowa infrastruktura informatyczna dla badań nad nowotworami". W ramach tej platformy postanowiono połączyć typowe wdrożenie hurtowni danych z możliwościami narzędzi text-minigowych.

Celem wdrożenia projektu było utworzenie platformy do gromadzenia, przetwarzania, udostępniania danych klinicznych, histopatologicznych, epidemiologicznych i molekularnych, a w dłuższej perspektywie miał służyć lepszemu zrozumieniu procesów, wcześniejszemu wykrywaniu chorób nowotworowych i poprawie wyników leczenia chorych na nowotwory.

Wdrożenie hurtowni danych ułatwiło nie tylko zdobywanie cennych danych do analiz. Projekt ONKO.SYS spowodował także upowszechnienie dostępu do danych w obrębie Instytutu oraz umożliwił znaczne przyśpieszenie wyszukiwania np. konkretnych przypadków medycznych, co jest niezbędne do prowadzenia prac naukowo-badawczych. 

Krajowy Rejestr Nowotworów

Przykładem dobrego wykorzystania danych jest inicjatywa realizowana przez Krajowy Rejestr Nowotworów prowadzony przez Centrum Onkologii – Instytut im. Marii Skłodowskiej-Curie w Warszawie. W ramach Krajowego Rejestru Nowotworów utworzono pierwszą w kraju hurtownię danych, obejmującą informacje o zachorowaniach i zgonach na nowotwory złośliwe w Polsce. 

Wszystkie województwa mają swobodny dostęp do zintegrowanego rejestru i dzięki narzędziom analitycznym mogą samodzielnie prowadzić analizy. Ponadto aby wesprzeć pracę naukowców, a przy okazji zaktywizować środowisko studenckie, Instytut Centrum Onkologii z Krajowym Rejestrem Nowotworów, wspólnie z firmą SAS Institute oraz uczelniami wyższymi utworzyły inicjatywę, w ramach której studenci trzech polskich uczelni prowadzą analizy dotyczące zróżnicowania umieralności na nowotwory, w zależności od wybranych czynników oraz prognozują zachorowania i zgony do 2050 roku. 

Korzyści dla pacjentów

Wdrożenie platformy analityczno-raportowej pozwala Instytutowi na realizację takich zadań, jak na przykład:

• skrócenie z kilku miesięcy do kilku godzin czasu analizy efektywności strategii leczenia w zależności od np. indywidualnych cech pacjenta,
• tworzenie algorytmów diagnostycznych wspierających rozpoznawanie niektórych rzadkich, bądź trudnych do zróżnicowania nowotworów,
• tworzenie algorytmów terapeutycznych wspierających decyzje terapeutyczne wybranych nowotworach
• prognozowanie zjawisk medycznych i epidemiologicznych, szacownie kosztów leczenia,
• prognozowanie wydatków medycznych w skali ośrodka, regionu, kraju,
• optymalizacja procedur medycznych. 

Wiele z tych zadań może przynieść korzyści nie tylko Instytutowi, ale przede wszystkim – w krótkiej i dłuższej perspektywie - pacjentom.